良好水生態系統的特征具有生物的多樣性。包括生物基因的多樣性、生物棲息地的多樣性和生物物種的多樣性三方面;水生態系統的結構完整。水生態系統結構指構成生態系統諸要素及其量比關系，各組分在時間、空間上的分布，以及各組分之間的能量、物質、信息的交流途徑與傳遞關系。

　　只有結構完整的系統才是穩定和健康的生態系統，主要表象為生物的生產者、消費者和分解者齊全，各類生物需要的能量、營養和食物鏈結構完整。外來物種少。特有物種生存良好;水質良好;景觀及環境優美，使人寧靜、陶醉、舒心，產生靈感和創作激情。

　　生態系統保護與治理原則由于生態系統的復雜性，到目前為止并沒有經典、統一和定量化的水生態系統保護與治理理論，但有幾個基本原則：需要按自然規律辦事，少干擾，不進一步破壞也是治理計劃。

　　水質良好是人類和生物都需要的，是生態治理的基本內容;保護生態系統比保護旗艦物種更重要;生態系統結構和完整性的保護比物種數量或者生物量的保護更重要;治理生態系統的功能比治理景觀更重要。

　　生態系統治理的目標，是生態系統的結構和功能的治理，但也有以標志性物種重現為目標：如萊茵河生態治理計劃明確地把大馬哈魚回到河流作為其標志;英國泰晤士河治理將大馬哈魚、鱒魚、鰻魚等作為河流生態治理的重要成效指標;德國眾多河流的生態治理也都把河流系統中的各種生物放在十分重要的位置，將水體重建、河流的水文循環恢復、使魚類和底棲無脊椎動物回到河流以實現河流生態系統完整性作為目標，德國Isar河的生態治理甚至將在河流中游泳、洗浴作為治理目標。

　　水生態系統的治理不僅在于水體和水底，更重要是治理水陸過度帶，控制點源和面源污染。水生態系統恢復的三大任務是水質和自然水文過程的提高;水域形態及地貌特征和生物物種的恢復。

　　治理的方法包括物理(如棲息地)、化學(如水質)、生物和管理等多方面，重建或者調度比較自然的水文和水動力過程、恢復彎曲河道和分汊河道、增加水面生態斑點和生態走廊就是物理方法，而曝氣復氧、添加活性炭等屬于化學方法，重建岸邊植被和水草、生物操作、增殖放流等屬于生物方法。

　　水生態文明的基本特征水生態文明定義可以分為廣義和狹義兩種，前者包括人水和諧及水生態系統良好兩方面內容，而狹義的定義主要指水生態系統良好一個方面。廣義水生態文明的基本特征：1)在社會和個人合理承擔一 洪水風險的情況下，保障江河湖海水域的防洪，特別強調保障人民生命和財產;2)在考慮節約用水等嚴格水資源管理條件下，保障人類用水，特別強調人畜飲用水保障;3)為了人類可持續發展，盡量保障水域生態系統良好，不僅要保障水域水質良好，還要為特有水生生物提供基本的棲息地及水環境條件。