生態凈化系統的設計和構建的核心是依據生態原理，形成多層次的水生生物系統，構建食物鏈，降解、固定或轉移污染物和營養物，并通過這個過程凈化水質。

　　技術原理：

　　通過生態治理技術種植和恢復水生植被特別是沉水植被，提高水質，使水體清澈;并通過治理后的沉水植被的光合作用把大量的溶解氧帶入底泥，使淤泥中的氧化還原電位升高，幫助底棲生物包括水生昆蟲、蠕蟲、螺、貝的滋生，進而使水體生態系統恢復多樣性;之后有序地放入魚、蝦、蟹類等原有土著水生動物，平衡沉水植被的生產力，同時優化水體水生生物的多樣性，形成良性循環的水生生態自凈系統，全面恢復水生生態系統。于此同時，水體經過生態系統營養成份的循環后得到凈化，就稱為水體的“生態自凈”。